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山本坠机第三天（4月20日），海军省接获地面调查组发回的电报，电报中称19日找到了一号机，里面没有生还者，正在收容遗体。
随同山本的死亡信息而来的是东南舰队司令部的另一封电报，内容是：此事件对联合舰队内部和陆军严格保密，并联络了联合舰队先任（首席）参谋黑岛龟人和第二舰队司令长官进藤信竹，后续安排等候中央指示。日本海军不得不面对建军以来第一次外战部队最高指挥官阵亡的现实，作为一个专门从事战争活动的组织，战争就会死人，日本海军原本有一套军令承行令，战时谁死了谁替补安排得明明白白。
如果根据条例，该谁替补谁替补，签字盖章名字曝光，还怎么保密？明白事儿的当地最高指挥官－东南方面舰队司令长官草鹿任一在舰队指挥和保密两边采取了折中的方式，先联系好联合舰队司令部残余人员和第二舰队司令长官，跟他们说出事儿了，至于怎么处理，还得听中央命令，上级的命令永远是对的。
视角转向同一日的东京，“山本坠机善后工作领导小组”兵分两路，海军中负责作战指挥的军令总长永野修身进宫向日本天皇报告山本的死讯，海军大臣岛田繁太郎虽然被称作“东条的裤腰带”，这时候第一个找的不是他的顶头上司首相东条英机，而是去了伏见宫公馆的主人伏见宫博恭王。
伏见宫就是日本海军的幕后大佬（其代理人岛田繁太郎），曾和东乡平八郎并列为舰队派的总后台，有些事情，他说话比天皇都好使，所以新任联合舰队司令长官的任命书就到了。岛田从伏见宫家里出来才去找首相，首相东条英机是核心领导层里最后知道山本死讯的人···
几乎在同一时间，“领导小组”迅速制定了一系列方案。第一是划定山本坠机与古贺接任这俩事情的公开范围（联合舰队，中国方面舰队，镇守府，警备府司令长官），第二是内定最早公布山本坠机事件的时间不早于5月27日。
山本坠机第四天（4月21日）。第二舰队司令长官近藤信竹左等右等没等来中央的回复，要在吉尔伯特群岛附近搞事情的计划没人签字，所罗门群岛空战一天也没停过，据情报分析美军在北太平洋也要有动作，俗话说军不可一日无帅，联合舰队已经三天没有司令长官。
在与山本的司令部残余参谋成员沟通后，近藤以第二舰队司令长官的名义向海军大臣，军令总长和各个舰队司令长官发报：“山本联合舰队司令长官发生事故，由本职代理其职务。”这里出现了一个关于将旗的扯皮，东南舰队司令部上从4月3日山本上前线以来悬挂大将旗，近藤的旗舰爱宕上悬挂的是中将旗。从风帆战舰时代开始，谁桅杆上飘的旗子厉害听谁指挥的规矩一直是海军的传统，现在山本长官人都没了，是把旗子降下来还是暂时不降得扯皮一直扯到4月23日。
言归正传，日本海军中央和地方的反应时间仅仅相差了半天，同日下午，横须贺镇守府司令长官古贺峰一在海军大臣办公室接受了委任状，就任联合舰队司令长官。一般来说，1922后的日本联合舰队司令长官是从海军次官、军令次长、第二舰队司令长官、横须贺镇守府司令长官和吴镇守府司令长官中选择最资深的一位。
当时的海军次官泽本赖雄中将（海兵36期）、军令次长伊藤整一中将（海兵39期）、第二舰队司令长官近藤信竹中将（海兵35期）、横须贺镇守府司令长官古贺峰一大将（海兵34期）、吴镇守府司令长官高桥伊望中将（海兵36期）中无论军衔还是资历，古贺峰一都是最佳人选。还有资料说时任军事参议官的丰田副武大将（海兵33期）也在备选名单里，可能是因为没有担任实际指挥职务而落选了。
山本坠机第五天（4月22日）。新任联合舰队司令长官古贺峰一依例进宫找天皇拜码头，为了对外保密，古贺进宫以镇守府长官汇报工作的名义进行，不举行发布仪式和欢送会，进行参拜神社神宫等封建迷信活动时身着便服，乘坐的汽车上不悬挂海军的徽记。古贺就任的密电很快传递给焦急等待中的近藤，近藤立刻以第二舰队司令长官的名义发电回复：在古贺长官到任前代理其职务。既名正言顺地接过指挥权，也向中央表明自己坚决服从命令的态度。
山本坠机第六天（4月23日），作为死亡形态回到了他在特鲁克的旗舰武藏号上。
山本坠机第七天（4月24日）下午，古贺峰一和副官从横滨乘飞机起航前往特鲁克，对外以去南方出差的形式安排并且尽量缩小了前来送行人的范围，一来二去搞得古贺长官很不体面。
山本坠机第八天（4月25日）。海军大臣，军令总长，联合舰队各舰队司令长官接到古贺到差，开始行使指挥权的电报，下午三点，武藏号的桅杆上升起代表古贺的大将旗，这面大将旗升的货真价实，此时此刻武藏号上有一死一活两个海军大将。
至此，联合舰队基本上完成了指挥权的交接。情还没完，前面说了一件特别重要的事情－调查事故原因。早在4月18－19日日本海军中央接获电报后，便认为这是盟军有计划的行动，立刻指示第一联合通信队调查密码是否泄漏。通信队对之前收发电报和密码进行核查后表示，之前使用的密码都是战略密码，密级极高，只有大臣总长和各个司令长官使用，绝对没有被破译的可能性，但是地方上是否泄密不得而知。
东南方面舰队的调查复杂的多，首先从山本行程安排入手。山本一行乘坐飞机的主要路径规划者是室井舍治参谋，室井本人也死在这次事故里，死无对证。之前是根据布因和肖特兰方面的情报分析制空权大致在日本方面的掌控之中，才确定了路线和六架战斗机护航。至于室井本人是内鬼，设下苦肉计害死山本长官的可能性被赵继统给否定了，完全是无稽之谈。