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停放二号机原型机的机房中，实验室中大量的电子屏上显示着测试者的各项身体数据。而明日香在所有的克隆体制中，拥有着最好的身体素质。即便没有受过系统性的训练，身体素质也如同是久经训练的战士一般。隰 这是解开了基因锁之后，体内的基因对自身的身体进行了自行调整。不光是身体素质，包括身材和容貌也都会进行优化，如果能够进行对比的话就会发现两次轮回之中。碇真嗣和明日香都比上一次轮回稍微好看了一些。
这种优秀的身体素质在同龄人之中，可以说是独一无二的，但光是有这一点是不够的，真正能否驾驶二号机，最重要的还是取决于与二号机之间的同步率。
虽然训练可以将同步率提升少许，但这东西更多的是取决于天生，天生的同步率如果不够高的话，就算再怎么训练，也难以成为一名合格的驾驶员。
而随着同步的开始，明日香与二号机之间的同步率起初相当之低，几乎是无法同步的状态，通常情况下，只有内心比较封闭的孩子，才会和机体有比较高的同步率。
但随着神经连接的深度加深，二号机与明日香的精神开始有了较为紧密的连接和碰撞，这让明日香下意识感到了危险，与此同时，一直以来都沉寂着的基因锁这个时候却突然爆发了出来。
随着基因锁裂开一道缝隙，明日香的潜力被部分的开发了出来，与此同时，原本一直维持在百分之十以下的同步率飞快标准，只是眨眼间就突破了一半，紧接着直奔百分之九十而去，这是经过了专业的训练之后都难以达到的同步率，直逼百分之百。
同时只是一个血肉骨架的二号机，竟然缓缓的动了起来，眼看竟然要从固定它的架子上挣脱下来。隰 “不好！同步率过高，快断开连接。”
负责监控连接深度的工作人员满头冷汗：“不行，断开失败，无法执行紧急协议，驾驶员有着强烈敌意，我们对她内心的窥探似乎被他当成了一种攻击！”
“那就快点启用备用预案！释放液氮，将机体冰冻。”站在最高处的实验负责人当机立断，下达了紧急措施的命令。
与此同时，二号机所在的房间之中大量液氮喷射出来。这些用奇怪生物的血肉制造的机甲本身就拥有着失控的危险，因此在实验设施之中，时刻都有保护措施。
第三新东京市的保护措施是坚固的合金防御墙壁，即便是失控的零号机，疯狂的对墙壁进行攻击，也无法打破。而德国的实验基地采用的就是大量的液氮。效果更加显著。
在超低温之下，分子热运动的强度降低到了一个极低的程度，二号机就算是想要发起攻击，身体也被彻底冻住，无法移动。
随后明日相与二号机之间的连接被物理切断，现在的明日香还不至于做到那种站在机甲之外都能够远程控制的程度，因此物理连接切断之后，二号机很快就平静了下来。隰 在紧急情况处理完毕之后，所有人都是惊喜的看着有些迷茫的从驾驶舱中爬出来的明日香，没有经过训练就可以将同步率提升到这种程度，甚至是在没有穿戴作战服的情况下，就完成了对二号机的启动和驾驶，这简直就是天生的驾驶员。
和她相比，就算是明日香的本体也不算什么了，于是明日香顺利的成为了二号机的第一适格者，而随后的训练更是给在场的科学家们一个巨大的惊喜。
明日香展现出来的不只是极高的同步率，同时还对各种战斗技巧一学就会，虽然还是一个小学生的模样，但就算是成年人在她面前，也走不过几招就会被制服。
而随着更多的训练，明日香原本就非常优秀的身体素质，也在这个过程中变得更加优秀，全方位的素质都不逊色于该领域中最优秀的运动员。
在对战模拟的测试之中，打败了难度最高的人工智能，更是没有任何人能够在模拟测试之中，和她的对战之中取得胜利。
所有人都相信明日香将成为最优秀的驾驶员，至于与此同时，初号机的驾驶员这边…
碇唯亲自与初号机进行同步实验，而在实验的过程中，意外发生，碇唯的同步率骤然提高到了百分之四百，实验室之中全都是一片红色的警报。隰 但这个时候就算是停止实验也做不到了，工作人员紧急弹出了插入栓，可将插入栓打开之后，里面空空如也，碇唯已经彻彻底底的融入到了初号机之中，灵魂成为了初号机的一部分。
年幼的碇真嗣虽然在基地之中生活，但却并没有目睹这一幕，只是他的直觉已经强到了一定程度，本能的预感到今天会有不好的事情发生，凭借自己的记忆，很快就找到了实验室所在的位置，然后就看到他的父亲脸上露出了前所未有阴沉的表情，那眼神不论是看向任何人，都会带来恐惧。
碇真嗣平静的看着那双眼睛，同时也从中读出了许多东西，他的母亲在实验的意外之中永远的消失了，原著中碇真嗣根本不清楚自己的母亲是如何消失的，很可能就是因为这时受到的冲击太大，导致了记忆失去。
但这次碇真嗣对每一个细节都记得一清二楚，在他的父亲将他赶出去之前，就已经飞快扫了一遍实验室中所有的屏幕，并且将实验室中所有人的对话清晰的听在耳朵中记下来。
而此时他已经是双眼一片茫然的状态，母亲的消失父亲的异样表现对他的刺激终于让他第一次解开了基因锁。
解开基因锁之后获得的不只是战斗本能，人的记忆力，理解能力，学习能力，都将提高到一个常人难以企及的地步，在这种状态下，人类会全方位的变成超人，几乎没有任何弱项。
而这状态也不只能用来战斗，同样可以用来记忆，碇真嗣记住了这房间中的一切，包括屏幕上的每一个图像。桌面上的每一个文件，上面的每一个字符。隰 即便他现在还不认识所有字，还无法理解这一切，但却已经将这一切牢牢的记在了脑子之中，当他能够读懂这些东西，并且理解他们的时候，他就能够从回忆之中将细节翻找出来，搞清楚今天究竟发生了什么？
“出去！”严厉的呵斥声响在他的耳边，碇真嗣最后朝着实验室的窗口看了一眼，那里停放着一台紫色的巨大机体，身高远远超出常人的超级巨人，他看到了巨人也看到了巨人后颈位置的插入栓，努力的记住了每一个细节之后，碇真嗣才转头离开。
心中不好的预感，让他迫切的想要了解自己之前所看到的一切，但很快他了解这一切的机会就消失了，碇源堂可不会有心思照顾孩子，碇真嗣也不适合独自待在这样一个机密区域，于是他被送出了第三新东京，被送到了一所寄宿制学校之中，在这所学校之中进行学习同时也受到监视和保护。
虽然离开了第三新东京市地下的特殊研究机构，但碇真嗣依旧牢牢的记住了那一天看到的一切：“父亲一定有什么事情瞒着我，母亲究竟去了哪里？那天究竟发生了什么？我要将这一切都搞清楚。”
而下定了决心，又解开了基因锁的强者，行动力是非常夸张的，寄宿制学校的班主任惊愕的发现，新来的转学生竟然是一个超级勤奋好学的家伙，只是小学二年级，就把整个小学全部的课程用了一周时间打包全都学完了。
而这也意味着碇真嗣基本掌握了读写能力，记忆中那些文件上面写的内容他已经可以看懂，可惜他能看到的都只有文件中的第一页，只能大致看出来，正在进行的是一场同步测试实验，参与实验的分别是他的母亲和名为初号机的巨大机体。
除此之外，他能够理解的还有一部分关于初号机的情报，那是人类为了对抗某种巨型生物而打造出来的巨型战争兵器，需要有驾驶员进行操控才可以参与到战斗之中，而驾驶员对这种巨型兵器的操控效率，很大程度的就取决于同步率。隰 小学课程中的内容大概也只够他看懂这些，那设备上复杂的图表，众多不断变化着的参数都不是他现在的学识能够解释的。
于是碇真嗣开始搜集更多的书籍，分析那些图表之中图案所代表的意义。
而很快他就认出了里面一个相当具有标志性的图案，那就是dna的双螺旋结构，测试同步率的显示器上，就有这样的图案标志。
“不对劲，那台巨大的机甲好像并不是机械体，不然的话，为什么要用这样的标志？”
碇真嗣开始了查询实验室之中其他的标志，然后惊讶地发现其中除了一些基础的物理符号之外，竟然还有许多神学方面的标志性图案和文字。
“难道说神话是真实存在的？初号机和神话有什么关系？”这部分的理论是最难搞懂的，碇真嗣暂时将这些只能猜测的东西搁置在一边，而是尽可能的理解实验室之中其他设备上的图像代表的意义。
而这就需要相当高深的知识了，即便是这个时代的大学之中，想要找到全部的相关知识恐怕也并不容易，好在虽然被送到了寄宿制学院，但因为碇源堂的关系，碇真嗣想要借阅各种书籍并没有什么困难，老师和同学只是惊讶于班级里竟然多出了这样一个超级天才。隰 而随着一次又一次接触远超他这个年龄段应该接触的知识，一次又一次短暂的开启基因锁辅助他的记忆，碇真嗣已经逐渐揭开了那天实验室中的秘密。
甚至已经比那天实验室中许多人都更加了解究竟发生了什么。
“那是一次实验室，妈妈溶解了？就溶解在初号机里，我要将她救出来。”
碇源堂大概做梦也不会想到自己儿子竟然会诞生出这样的念头来，当然，就算是他知道了以这家伙的性格，复活碇唯的事情也绝对不会让任何其他人插手，哪怕那个人是自己的儿子也是一样。
想要救回自己母亲的碇真嗣，却一时之间陷入了迷茫之中，他发现现在的自己根本什么都做不到，就算能够学习大量的知识，变得比大多数成年人还要博学的多。也不足以让他一个小学生踏入第三新东京市的地下实验基地。
学校门口的长椅上，碇真嗣迷茫的坐在那里，双眼一片茫然，却一时间想不出自己该如何深入地参与到有关初号机的实验之中，他现在还是个孩子，就算是展现出再高的才能，也终究是难以被人信任的。
就在这时，一片阴影笼罩了他：“小子，想什么呢？”蓝诺拍了拍他的肩膀，坐在了他身边，世界重启已经过去八年，碇真嗣的成长甚至有些出乎了蓝诺们的预料，如今这个年纪的他已经掌握了大学本科的知识，而且不是一个科目的知识，而是生物学领域和机械学领域乃至是计算机科学领域的诸多科目的本科阶段知识。隰 寻常人要学会这些东西，恐怕十年时间都未必够，而碇真嗣只用了十个月，这里面固然有他解开基因锁的功劳，但更重要的是他已经有了为之努力的目标。
“大叔不懂的。”碇真嗣摇摇头，这么说并不是因为他自闭，重生之后的碇真嗣比起以往已经开朗了太多，他并没有说出自己苦恼的事情，最大的原因是这些事情涉及到了许多机密，他自己知道没有关系，告诉其他人很可能是害了对方。
“你不说出来怎么就知道我不懂？说说看，是不是想妈妈了？”
碇真嗣挠挠头：“算是吧，不过恐怕很难再见到了。”
蓝诺看了眼碇真嗣手中的照片，那是他一家三口的照片，此时看起来纸张都有些泛黄了。
“不用担心，你们以后一定会有办法见面的，我是这里的保安，以后遇到什么麻烦了都可以随时来找我。”蓝诺说话之间，已经伸手指了指旁边的岗亭。虽说碇真嗣身边其实有许多暗中跟随的保镖，但就算是全世界的保镖加在一起，恐怕也没有蓝诺的保护力度强。