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众大臣哭临完毕，方从哲宣读泰昌皇帝遗诏。
“殿下至孝，贤明有闻，今建虏肆虐辽东，国朝局势动荡，为大明社稷，遵大行皇帝遗诏，请殿下即皇帝位，以正国本！”
众大臣劝进向朱由校叩首，山呼万岁。朱由校名分实至名归，只等登基大典，登上皇帝宝座。
在方从哲、刘一燝、韩爌的主持下，泰昌皇帝被移送到仁智殿停灵，朱由校带着朱由检、朱徽妍、朱徽婧、朱徽媞以及大臣们和宫里的娘娘们穿上丧服开始哭奠。泰昌皇帝的大丧顺利进行。
朱由校命令魏进忠指挥东厂全部人马集合，集合后移交给特勤师看押。东厂全部换血，由特勤二师调派一个团1200人加入东厂，执行东厂的任务。
东厂换血后，魏进忠指挥东厂控制郑贵妃、西李、王安、黄钧庭、卢受、邹义等人三族，查封其三族家产。
派出精干队伍前往洛阳将福王朱常洵全家控制在福王府，查封福王府家产。
软禁瑞王朱常浩、惠王朱常润、桂端王朱常瀛。三位王爷距离皇城如此之近，不得不防。
朱由校对诛三族做了特别解释，三族包括犯人的配偶及子女，犯人的父母亲，犯人的兄弟姐妹及配偶和子女。
诛三族确实有点狠，一家人全部杀完。作为21世纪的现代人实在有点不忍心。但面对杀父亲的凶手，以及诡异的朝政，不严刑不足以震慑宵小，也向外界传递一个信号，不要触碰皇帝的底线。
朱由校命令刘若愚在特勤师的配合下，全面彻底的整肃宫闱、整肃皇城太监宫女。
随着朱由校的命令下达，各方面工作均快速的执行。
李若琏带领特勤二师一个旅接管锦衣卫，锦衣卫开始按照计划集中整肃。特勤二师一个旅押送四卫营进入东安门营房。
勇士营指挥使阳武侯薛濂、怀宁侯孙承荫接到命令后，倒是非常识时务，很快集合队伍移驻东安门营房。
四卫营约1900人、勇士营约2900人全部集中开始整肃。
特勤5个师的兵力全面护卫京城、皇城，锦衣卫、东厂、四卫营、勇士营均已经接管，朱由校心里彻底踏实下来。
整肃内廷、锦衣卫、东厂、四卫营、勇士营属于皇帝的内部事务，朝臣干涉的力度很小。但京师三大营的整肃，牵涉大量勋贵和朝廷重臣的利益，必定阻力重重，将在京城引起轩然大波。
京师三大营又称三大营、京师三营和御前三营。
洪武初年，太祖朱元璋平定天下后设立京营，编制48卫，隶属于元帅府。不久又进行改编，称为五军营，改隶五军都督府。
五军营即中军、左掖、右掖、左哨、右哨，总兵力约21万人。
成祖朱棣继位后对京营加以扩充，将原来的48卫增至72卫。此后又渐次设立了五军营、三千营、神机营三大营，三大营统称为京军或京营。
成祖朱棣迁都北京后，分设京师三大营和南京三大营。
京师三大营和南京三大营都是大明王朝的主力军。当皇帝亲征时，三大营环守于皇帝大营，一般是神机营居外，骑兵居中，步兵居内。
永乐时期，除了在京师的常备守卫军外，每年从中都、山东、河南等地抽调16万人，轮番进入到京师换防操练，时刻保持着充沛的战斗力，称为班军。
京营的总人数达到七十多万，永乐、宣德时分别六次北征蒙古，以及永乐时征安南、正统征麓川等，都是以京营兵为主力。
土木堡之变后，京师三大营进行了重建。
于谦在诸营中拣选马步精锐十万，分为十营集中训练，称十团营。那些未入选的原三大营军士，仍归本营。至此，京营的制度为之一变。
景泰年间，英宗裁撤十团营，沿永乐旧制设京军三大营。
成化年间又复立团营，从五军、三千、神机营中，精选壮勇十二万，分为十二营团练，名为十二团营。正德年间，京营中又增加东官厅、西官厅两个编制。
嘉靖初期，仍维系十二团营和东西官厅的旧制。嘉靖29年，俺答大肆入侵后。首辅严嵩以及兵部、吏部等官员痛陈京营之弊。
嘉靖皇帝下令裁撤十二团营和东西官厅，恢复永乐时的三大营旧制，恢复五军营、三千营、神机营三大营。
神机营是明代军队中专门使用火器作战的精锐部队，是世界上最早成建制装备和使用火器的部队。
神机营主要担负着内卫京师，外备征战的重任，主管操练火器及随驾护卫马队官兵，是归属皇帝直接指挥的战略机动部队，装备有火枪、火铳等热兵器。
作战时，主要负责保卫皇帝所在的中军大营安全，执行对前线作战部队的火力支援和对敌军火炮打击等任务。
三千营最初以塞外招募的三千蒙古骑兵组成。嘉靖年间蒙古骑兵发展到约七万人后改名神枢营。之所以叫三千营，是因为组建此营时，是以这三千蒙古骑兵为骨干。
随着部队的发展，实际人数早已不止三千人，三千营全部都是骑兵，而这些骑兵都是对外招募的蒙古士兵。
永乐时期，这支骑兵部队是三大营中战斗力最强悍的力量，他们在战争中主要担任突击和打乱敌方阵营的角色。
五军营主要由马军、步军组成。
由于朝政腐败，将帅贪腐无能，吃空饷、士兵私人化的现象越来越严重，京师三大营的战斗力每况愈下。
占役和虚冒是三大营的两大顽疾。占役是士兵拿着朝廷的饷银为当官的服劳役、干私活，不务正业，成为当官的私兵。
虚冒就是吃空饷，军队里实际没有这么个人，当官的以自家的仆人或虚假人名，冒充军队中的士兵，每个月支取一份饷银。
另很多官二代、富二代、纨绔子弟通过贿赂加入三大营，担任各级将领，又以老弱充壮丁，赚取饷银的差额，三大营实际的士兵有一大半为老弱充数。
掌管三大营的勋贵们大肆贪赃枉法、卖官鬻爵，正四品5000两银子，六品、七品1000两左右，明码实价公开叫卖。
崇祯2年，时任兵部尚书李邦华整顿三大营，三大营兵政得到了很大改善。三大营本是皇亲勋贵的势力范围，李邦华的整顿影响了一大批皇亲勋贵的利益。
乙巳之变时，皇亲勋贵趁机弹劾，李邦华被崇祯帝罢官。李邦华被罢官后，接任的人都以李邦华作为教训，三大营比整顿前更加腐烂。
三大营已经烂到骨子里，必须动大手术。
在英国公张维贤、惠安伯张庆臻、恭顺侯吴汝胤的绝对配合下，经过皇家卫队和特勤师轻微的武力镇压，在皇家卫队和特勤师强大的热兵器火力震慑下，京师三大营的所有官兵被控制在驻地里。
朱由校接管锦衣卫、东厂、四卫营、勇士营、京师三大营、上直亲军卫所，虽然控制了皇城和京城的防务，但驻扎在顺天府地区的卫所、边军还没有完全控制，让朱由校如芒在背。