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3 组织首领与神秘人物
那位先生（the boss）
黑衣组织的最高领导人，真实身份长期成谜。直到剧情后期，才揭晓其为乌丸莲耶，一位富可敌国的富豪。
乌丸莲耶
黑衣组织的真正首领，曾在40年前假死，暗中操控组织的活动。他是整个黑衣组织的幕后黑手。
二、红方：对抗黑衣组织的正义势力
红方是由多个组织和个体组成的联盟，他们的共同目标是揭露和摧毁黑衣组织。红方的成员包括侦探、警察、特工以及前黑衣组织成员。
1 核心成员
江户川柯南（工藤新一）
红方的核心人物，因被黑衣组织灌下毒药而变小。他利用自己的推理能力和阿笠博士的道具，不断破解案件并追查黑衣组织的真相。
灰原哀（宫野志保）
原黑衣组织成员，现为红方的重要成员。她不仅为柯南提供关于组织的情报，还协助研发解药。
阿笠博士
柯南的邻居和好友，发明家。他为红方提供了许多高科技道具，是红方的后勤支持。
服部平次
关西的生侦探，工藤新一的好友。他多次协助柯南对抗黑衣组织，是红方的重要盟友。
毛利兰
虽然对柯南的真实身份一无所知，但她在关键时刻多次帮助柯南，展现出强大的勇气和正义感。
2 警方与特工
赤井秀一（fbi特工，代号“银色子弹”）
fbi的王牌狙击手，曾潜入黑衣组织并化名“诸星大”。他是红方对抗黑衣组织的核心力量之一。
詹姆斯·布莱克（fbi上司）
fbi的高级官员，负责指挥赤井秀一等人对抗黑衣组织。
朱蒂·斯泰琳（fbi特工）
fbi的特工，曾与贝尔摩德有过正面交锋。她聪明干练，是红方的重要成员。
安室透（本名降谷零，日本公安警察）
黑衣组织的卧底，真实身份是日本公安警察。他聪明机智，擅长收集情报，是红方的重要盟友。
风见裕也（日本公安警察）
安室透的助手，负责协助他执行任务。
3 其他盟友
工藤优作与工藤有希子
工藤新一的父母，分别是著名推理小说家和前女演员。他们在关键时刻为柯南提供了重要帮助。
世良真纯
生侦探，赤井秀一的妹妹。她聪明机智，多次协助柯南对抗黑衣组织。
羽田秀吉
世良真纯的二哥，职业将棋选手。他虽然不是直接参与对抗黑衣组织，但在关键时刻提供了重要情报。
玛丽·世良
世良真纯的母亲，赤井秀一和羽田秀吉的母亲。她因服用aptx-4869而变小，现为红方的重要成员。
三、黑方与红方的斗争
黑方与红方的斗争是《名侦探柯南》的主线剧情，贯穿了整个故事。双方在情报、策略和实力上展开了激烈的较量。红方通过卧底、情报收集和合作，逐步揭开了黑衣组织的秘密；而黑方则通过暗杀、间谍活动和药物研发，试图维持其统治地位。