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第四道命令就是编制的正规化。实际上编制的正规化早就已经提上日程了，并做好了前期铺垫工作。到现在为止只差一个正式命令。从这道命令下发之日起，刘佩的家丁们就正式分为陆军和海军两部分，并且挂在了总参谋部下面。
不过刘佩在海外的军队完全正规化，而留在大名境内的实行两套军制。也就是说明面上依然按照大明的军制来称呼自己，实际上已经改变了。不过留在大明境内的几千人都是经过考验的忠诚手下，不担心有泄漏的问题。即便是泄露出去刘佩也有话说，毕竟他这是他私人的家丁，而不是大明的军队。
随着刘佩一连串命令的签发，他所有的麾下机构都开始缓缓的运行，向磨合机器一样咬合的越来越紧密，全力以赴的奔着下一场战争开始准备。
这也是刘佩最无可奈何的地方！本来随着时间的推移，刘佩的实力会越来越强。但是随着第二舰队越来越庞大。现在已经有点儿掩藏不住了！作为一支舰队。为了保证战斗力必须要出海训练。而日益庞大的舰队无论怎么样隐藏，终究会有蛛丝马迹落在海面上。
现在已经有海上传说，说有奇怪的西洋大夹板船在海面上出没。只是没人把这件事情当真事而已。但是等到今年年底的时候，第二舰队就会变成一支接近30艘战舰的庞大舰队！这么大的舰队根本藏不住的！所以刘佩必须在自己的实力彻底暴露之前彻底打垮郑芝龙。
这段时间内，随着海上战事的平息，各方的贸易更加兴盛了。由于海上少了不少船只。海上的船只反而更加紧俏。但是明眼人都知道，现在只不过是战前的平静而已。
就在这个时候，刘佩之下的秋收到来了。对这次秋收刘佩异常重视！他不仅把自己的侍卫打散了分派到各地看情况，还有亲自到下面视察。
在视察过程中，他还带上夫人王雅。不得不说，王雅果然是大家闺秀出身，做起事情来极有手段。
刘佩和王雅成婚之后，刘佩交给夫人一件事情做。那就是经常要去关怀一下那些孤儿们。一方面，刘佩觉得这些孩子确实需要有女性的关心。另一方面，他认为王雅的女性身份能够有效的影响这些孩子们的感情世界，更有利于他们忠于自己。
事实证明王雅办的相当漂亮！他不仅给孩子们带去了食物、衣物，还带去了妈妈式的关心！两三个月的时间，就有大一点儿的女孩子提出要求，想转职为王雅的护卫。而且根据侍卫们反馈，王雅每次出现都会受到热烈的欢迎！甚至在某种程度上比刘佩更受欢迎！
刘佩就像一个严厉的爸爸，他关爱孩子们，但绝不溺爱，甚至为了让他们成才还给他们沉重的压力。而王雅的母亲形象则契合了这些孤儿心中最柔软的地方，所以相当受欢迎！刘佩在私下里和王雅开玩笑说道：“这些孩子总喜欢你的人比喜欢我的人多！”
刘佩带着王雅在山东考察之后终于放下心来。这次秋收是成功的！根据账房先生的统计，这次秋收之后，刘佩能储备下足够治下所有人吃一年的粮食！
而且，账房先生们乐观的预测，明年的秋收会更好！因为明年琉球和山东新开荒的土地都会有产出。这让刘佩彻底放下心来，有了底气进行更大规模的战事。
随着时间的推移，海上的火药味儿越来越大。刘佩和郑芝龙双方已经多次在海上大打出手。虽然没有上升到战争阶段，但是已经让人嗅到了海风中的血腥气息。大家都在等着这场最后决战的发生。这次战斗将决定这片大洋的归属。
在外海的一个海岛上，有一个海盗的寨子。寨子很破旧，能看得出它经历过很久的时日，应该是海盗们驻扎很久的老巢。在最中间院子里，郑芝龙正七八个人边喝酒边开会。参会的人大部分就是日后大名鼎鼎的十八芝成员。只是此时十八芝还没有正是成立。
几个人刚刚讨论完船队保养和补给的情况，郑芝龙放下筷子，认真的说道：“大瑄，红眼蛇手下船队大致的数量摸清楚了吗？”
郑芝龙口中的大瑄是指施大瑄。也是未来十八芝的成员。他本人不起眼，但是他有个厉害儿子，就是施琅！
施大瑄说道：“大致摸清楚了！这段时间里他们不断地在挑起事端，我们都忍了下来！只是他们恐怕想不到，我们只是想通过交手摸清楚他们的底细！他们若是知道了，只怕肠子都得都悔青了！”
在座的众人大笑起来，郑芝龙也跟着微笑。说道：“那么再开战的话，他大致能触动多少船？”
施大瑄说道：“大致在30条左右。但是我猜测，这些船肯定不是他全部的船队。他肯定还有后手！”
施大瑄身旁的洪旭却接过话头。这洪旭也是一条好汉！他起初跟随郑芝龙一起被大明招降，为明总兵官郑芝龙的部将。顺治二年(1645年)由隆武帝朱聿键晋封为忠振伯。顺治三年(1646年)郑芝龙降清后他归依郑成功，举义抗清。
顺治十一年(1655年)郑成功承制设六官，以洪旭为户官，旋改任水师右军、水师总督，会中提督甘辉取舟山。顺治十五年(1658年)郑成功北伐，以洪旭兼理兵官，同黄廷、郑泰一起留守金厦。顺治十七年(1660年)清军攻打厦门，郑成功与洪旭大破清军。
顺治十八年(1661年)郑成功率军东征台湾，命洪旭辅佐世子郑经留守思明。康熙元年(1662年)五月郑成功逝世后洪旭请郑经率兵渡台靖难。在东渡台湾之后，洪旭建议郑经设置军队驻守澎湖，并且训练军队，加强台湾防卫。并且派遣商船到达日本和东南亚地区通商。康熙五年(1666年)八月，洪旭因为忧劳过度染寒疾逝世。
洪旭大笑着说道：“如果是我，我也不会将全部的船队放出来！我估计他手里大约是40条船左右。像海楸之类的小船我就没算计。那种船打起仗来也没什么用。”
郑志龙皱了皱眉头说道：“海楸也不是没用，选好地方还是很有用的！另外他的水手们本事怎么样？“
施大瑄正色说道：“挺不错的！不像是新手！不过听口音全是北方人的口音，什么时候北方人也这么厉害了？都说被人善马，南人善船，可是这帮北佬使船使得很不错！就是海上接战他们还不行！没咱们的人利索！”
郑芝龙说道：“那就集中力量打肉搏战！只要我们的人能冲上去，胜利就属于我们的！”
一个长了一双浓眉的大汉放下手里茶杯。此人名叫甘辉，也是一股海盗的头目，和郑芝龙走的比较近。此人也是一名英雄好汉！更难得的是，此人武艺高强，水陆皆能！而且心智极高，有料敌于先的能力！
甘辉是明末清初海澄县(今属福建省龙海市)东园村下房人。父母早丧，家贫如洗。为人重义任侠，好打抱不平，因此遭族长迫害，流浪于漳州、石码、海澄等地，不敢久居乡里。
1646年(隆武二年)，郑成功在南澳起兵反清，招军买马;甘辉投入郑军帐中，以骁勇善战驰名行伍间。1648年(永历二年)四月，郑军攻同安，甘辉出头阵，即斩清守备王廷于马下。守将祁光秋、廉郎及知县张效龄乘夜潜逃。拂晓，居民开城门迎郑军。